Pascasarjana UIN Imam Bonjol Padang menyelenggarakan Program Doktor (S3) dan Program Magister (S2). Program Doktor (S3) bertujuan menghasilkan lulusan yag dapat menguasai, mengembangkan, memperkuat, dan menemukan teori-teori Ilmu Pendidikan Islam dan Hukum Islam serta melakukan penelitian yang intensif dan mendalam. Sedangakan program Magister (S2) bertujuan menghasilkan lulusan yang dapat menguasai dengan Program Studi yang didalami.
Program Doktor (S3) yang ditawarkan adalah Pendidikan Islam dan Hukum Islam, sedangkan Program Magister (S2) yang ditawarkan adalah Pendidikan Agama Islam, Pendidikan Bahasa Arab, Ekonomi Syariah, Hukum Keluarga (AS), Pengembangan Masyarakat Islam, Sejarah Peradaban Islam, Ilmu Hadits, serta Ilmu AL Qur’an dan Tafsir.