Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) S2 di UIN Imam Bonjol Padang memiliki sejarah yang panjang, dimulai dari pembentukan Jurusan Pendidikan Agama pada Fakultas Tarbiyah yang dikelola Yayasan Imam Bonjol Padang pada tahun 1962. Kemudian, jurusan ini bergabung dengan Jurusan Bahasa Arab menjadi Fakultas Tarbiyah Padang Cabang IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta pada 1963. Selanjutnya, Fakultas Tarbiyah berubah menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Imam Bonjol Padang pada 1966. Program studi PAI S2 kemudian didirikan di bawah Pascasarjana UIN Imam Bonjol Padang, dengan program magister pertama kali diselenggarakan pada tahun 1994